目前幽门螺杆菌检测，最常用的就是尿素呼气试验，尿素呼气试验具有非侵入性、准确、特异、快捷的特点。目前尿素呼气试验主要分为13C和14C两种方法，也就是通过口服核素（13C或14C）标记的尿素来检测幽门螺杆菌。其中的原理为：幽门螺杆菌本身会产生内源性和特异性的尿素酶，尿素酶可将尿素分解为氨气和二氧化碳，二氧化碳在胃肠道吸收后进入血液循环并最终在肺部通过呼吸排出体外，受试者口服核素标记的尿素后，如果胃内存在幽门螺杆菌，被13C或14C标记的尿素就会被尿素酶分解生成核素标记的二氧化碳，排出体外后经过收集呼出的气体，检测气体中核素标记的二氧化碳，就能判断是否存在幽门螺杆菌感染。
13C和14C方法的区别
两种方法在准确性方面并无显著区别，13C是碳的稳定同位素，无放射性，但是检测程序比较繁琐，需要在服药前和服药后30分钟两个时间点采样，也就是需要吹气两次。14C是碳的不稳定同位素，具有一定的放射性，但是辐射剂量很低，目前认为用于幽门螺杆菌的诊断安全性好、对环境、被检测者和操作者基本无辐射影响，操作人员无须采取任何防护措施，但是这种方法不推荐妊娠期和哺乳期的女性使用。14C检测法仅需要采集1次呼气即可，此外，两种检查方法的价格也不同，13C的价格为元左右，14C的价格为元左右。
无论是13C还是14C方法，检测前都需要空腹，或至少禁食2小时后检测，吞服尿素14C胶囊1粒，服药后应保持静坐、禁食、避免剧烈活动，等待15-25分钟（尿素13C胶囊服药后等待30分钟），这是因为：幽门螺杆菌在胃内呈现局部灶性分布，空腹可最大程度的避免食物等其他因素对检验结果的影响，空腹也能够保证尿素尽可能的均匀弥散在全胃，增加尿素在胃内同幽门螺杆菌接触的面积和时间，确保试验的准确性。
最后需要注意的是，在进行尿素呼气试验之前，应停用质子泵抑制剂（奥美拉唑等拉唑类药物）以及H2受体拮抗剂（雷尼替丁等）等抑制胃酸分泌的药物2周，停用抗菌药物、铋剂以及具有抑菌作用的中药4周，避免这些药物对检测结果的干扰。