由中药功效的含义界定，首先可以知道，中药有治疗功效和保健功效两大系统。由于中医理论的特殊性，后者一直十分薄弱。阴阳学说是中医药理论的基础，从本质上看，该理论的核心是两分法。因此，中医对人体生理和病理的区分，基本上是截然分开的。在生理状态下，则“阴平阳秘”；一旦“阴阳失调”，就发生病理改变。而正常的生理状态，一般是不需要药物干预的。所以，在现有的功效记述中，主要是药物的治疗功效。现代的观点认为，生理功能完全正常的人群约占10%～15%，患有明显疾病的人群，也只是10%～15%，其余70%～80%的人群，均处于“亚健康”状态。对这部分人群给予养生和保健的中药辅助，是十分必要的。
严格地讲，中医药对于亚健康人群的干预，最具特色和优势。从理论上讲，保健是不以治疗为目的，而目前卫生部规定的“保健功能”，如“辅助治疗高血压”等等，实际上是属于治疗范畴的。由此而论，确定中药的保健功效，是摆在当代中药学面前的一个亟待解决的问题，有待对此认真研究，逐步完善。确定中药的保健功效不但有利于发挥中药的保健优势，而且能够使药政管理更加科学。
从中药功效的含义还可以发现，中药的治疗功效由纵向的系统和横向的层次构成立体网络。在纵向方面，又有对证功效、对病功效和对症功效三个系统。如麻黄发散风寒，主治风寒表证；人参益气救脱，主治元气虚脱证，均属于针对证侯的功效；常山截疟，对寒热虚实各型疟疾均有疗效；槟榔驱绦虫，不论老幼男妇无不相宜，这属于针对疾病的功效；仙鹤草止血，能缓解各种血证的出血症状，但不能消除失血的原因，应属于针对症状的功效。目前在对证作用的间接效果和对症作用的直接效果区别上分化不够，含混不清，对了解各药的特性造成了一定困难。如凉血（化瘀）止血，系指该药既有对证的凉血（化瘀）作用，又有对症的止血作用，二者并非完全因果关系，故凉血止血药与温性药配伍，可“去性存用”，用治寒性失血证。而祛风止痛、清心除烦、行气消胀等，前二字为对证作用，后二字为该作用的效果，后者不能离开前者独立存在。可见，明确区分对证功效和对症功效是至关重要的。
那么，怎样鉴别对症功效和对证功效呢？主要依据临床应用（包括方书本草著作记载），药理研究亦可供参考。例如，目前《中国药典》和大多数《中药学》教材，皆言冰片“清热止痛”，其实冰片的清热与止痛，主要是两种并列的独立的功效，止痛作为清热的间接效果，则是很次要的，其在一些著名方剂中，多与清热无关。如本品在《良方集腋》七厘散中，主治“跌仆损伤，闪腰岔气，骨折筋伤，创伤出血等所致的瘀滞作痛”；其与血竭、红花、乳香等药配伍，乃因其“善能行气活血，走窜通络……以助活血药活血通络，散瘀止痛”（《中医大辞典方剂分册》）；外伤血瘀作痛，一般没有寒热可辨，自然冰片在此方中，是不需要其清热之功的。其在《和剂局方》苏合香丸及其化裁的现代经验方苏冰滴丸中，分别主治中风等属于寒闭，症见突然昏倒，牙关紧闭，不省人事；或寒凝气滞，胸腹冷痛，呕吐腹泻；或气滞血瘀寒凝，胸痹心痛。以上诸证之疼痛，皆与寒气内阻，气血不通相关，不仅不需要冰片发挥清热之功，而且还需配伍丁香、沉香、木香之类的辛温药，制约其偏寒之性。经过以上考查，可以肯定冰片在此类方中的止痛作用，皆为对症功效。当然，冰片在不少主治皮肤红肿热痛的外用制剂中，既可以发挥直接的止痛作用，又可以通过清热以收间接止痛之效。而六版规划教材《中药学》中的山豆根“清热止痛”，则与冰片不同，其止痛并非独立功效，临床仅能用治热毒咽喉肿痛，其止痛便为清热解毒之间接效果。
又如大黄的止血作用，到底是直接针对出血症状的独立功效，还是通过其清热凉血的间接效果？历来存在争议。认为有直接止血作用者，如唐容川《血证论》称：“大黄乃止血良药，今人不知，惜哉！”全国高等中医药院校七年制规划教材《临床中药学》，也将“止血”列入其功效项下。认为大黄用于出血症只是间接效果者，如《本草正义》称：“《金匮》泻心汤治吐血衄血，明是阳亢上逆，迫血妄行，故以大黄、芩、连，直折其炎上之势。”全国高等中医药院校成人教育教材《金匮要略》，在泻心汤“释义”中也认为：“大黄，苦寒沉降，直折其热，使火降则血亦自止。”因其临床单用“对大量咯血或长期小量咯血均有效”，“对上消化道急性出血效果良好，止血有效率达97%”；药理实验证实其对外出血和内出血均有明显止血作用，故大黄应有对症的止血功效。
再如在各种中药专著中，桑叶与羚羊角，皆有“清肝明目”的功效。以七版规划教材《中药学》为例，桑叶在“应用”项下对应的内容为：“本品既能疏散风热，又苦寒入肝可清泻肝热，且甘润益阴以明目，故常用治风热上攻、肝火上炎所致的目赤、涩痛、多泪……若肝肾精血不足，目失所养，眼目昏花，视物不清，常配伍滋补精血的黑芝麻，如《寿世保元》扶桑至宝丹。”而羚羊角对应的内容则为：“本品善清泻肝火而明目，故用治肝火上炎之头痛，目赤肿痛，羞明流泪等症。”因为对于桑叶，其明目主要是独立的对症功效，所以肝热目疾与肝虚不明均可治疗；而羚羊角中的“明目”，只是“清肝”功效的间接效果，故一般只宜于肝热目疾，而对于虚证，并不具有养肝明目的直接功效。在同一书中，功效用语一样，但内涵不一，容易导致理解的偏差，对此应引起足够的重视。
再如解表与透疹，前者主要针对表证，后者主要针对麻疹初起疹出不透。麻疹初起虽可兼见表证，但二者是各自独立的疾病。《中药学》中常见的“解表透疹”药，有荆芥、薄荷、葛根、升麻诸品。这些药用于表证，仅与其“解表”功效相关；若用于麻疹初起，则同时发挥了透疹与解表两种功效。如果解表与透疹为因果关系，那么，解表力量越强的药，其透疹效果就应该越好。而事实上，麻黄、桂枝、羌活等药，解表力强而不透疹，升麻、蝉蜕、柽柳等药，透疹之效较佳，但并不长于解表。故解表与透疹二者应该分列，不应视透疹皆为解表之效果而写作“解表透疹”。这类各自独立，但又存在因果关系的特殊功效，并不鲜见，例如还有化瘀止血、凉血止血、祛风胜湿等等。
中医临床辨证的多样性，又导致了中药功效认定的多系统性。如石膏一药，从六经辨证来看，该药是主治阳明经热证的要药，其相应的功效应该总结为“清阳明经热”；从温病的卫气营血辨证来看，其又是主治气分热证的佳品，故其相应的功效又可总结为“清气分热”（习惯又称“清热泻火”）；再从脏腑辨证来看，其又长于治疗胃热证和肺热证，相应的功效则须总结为“清胃热、清肺热”。如在教科书中一一列出，则显得冗赘；但不全面赅备，则又有缺失。对此特点，业内人士应该有所了解，才能真正掌握石膏的功用。
